የፍልስጤም የሳይንስና ቴክኖሎጂ አካዳሚ የተመሰረተው በ1994 በፍልስጤም ነፃ አውጪ ድርጅት በዩኔስኮ ጥያቄ ነው። እ.ኤ.አ. በ 1997 በፕሬዝዳንታዊው አዋጅ ቁጥር 114 በይፋ የተቋቋመው እራሱን የቻለ ፣ መንግስታዊ ያልሆነ እና ለትርፍ ያልተቋቋመ ድርጅት መሆኑን በመገንዘብ ነው። ይህ አዋጅ አካዳሚው ሀገራዊ ልማትን ለመደገፍ ፖሊሲዎችን፣ ፕሮግራሞችን እና ፕሮጀክቶችን በመቅረጽ ላይ የማማከር እና አግባብነት ያላቸውን የሳይንስ እና ቴክኖሎጂ (S&T) እንቅስቃሴዎችን የማስተባበር ኃላፊነት የተሰጠው በሀገሪቱ ውስጥ የሳይንስ እና ቴክኖሎጂ ዋና አካል ሆኖ እንዲያገለግል ስልጣን ሰጥቶታል። ስለዚህም አካዳሚው በፍልስጤም ውስጥ የሳይንስ እና ቴክኖሎጂ ማእከል እና ጃንጥላ ድርጅት ሆኗል።
ዶ/ር ፋቲ አራፋት ነበሩ። የመጀመሪያ ፕሬዝዳንት ሆኖ ተሾመከፍልስጤም ብሄራዊ ባለስልጣን ፕሬዝዳንት ያሲር አራፋት ጋር በክብር ፕሬዝደንትነት አገልግለዋል።
በ1998 ዶ/ር ራፊቅ አልሁሴኒ የአካዳሚው የመጀመሪያ ዋና ፀሀፊ ሆነው ተሾሙ። ዶ/ር መሀመድ ዚያራ በ2000 ተጠባባቂ ዋና ፀሀፊ ሆነው ተሾሙ፣ በ2001 መጀመሪያ ላይ ዶ/ር ኢማድ አል-ካቲብ፣ በመቀጠልም በ2001 መጀመሪያ ላይ ተጠባባቂ ዋና ፀሀፊ ሆነው ሲያገለግሉ ቆይተው በዚያው አመት በዋና ፀሀፊነት ተሹመዋል። ዶ/ር ሂክማት አጅጁሪ የአካዳሚው ምክትል ፕሬዝዳንት ሆነው ተሾሙ።
የአካዳሚው ሁኔታ በድጋሚ የተረጋገጠው በ የፕሬዚዳንቱ አዋጅ ቁጥር 13 በ2004 ዓ.ም (በ እንግሊዝኛ)፣ እንደ አገር አቀፍ፣ ራሱን የቻለ፣ ራሱን በራሱ የሚያስተዳድር ተቋም አድርጎ ማቋቋም። የፍልስጤም የሳይንስ እና ቴክኖሎጂ አካዳሚ ሳይንስን፣ ቴክኖሎጂን እና ፈጠራን በፍልስጤም ማሳደግ እና የኢኮኖሚ፣ የማህበራዊ እና የሰው ልጅ እድገት ነጂዎች በማድረግ ረገድ ወሳኝ ሚና ይጫወታል። ይህንንም ለማሳካት አካዳሚው ከአካዳሚክ፣ ከመንግስት እና ከኢንዱስትሪ ከአገር ውስጥ እና ከአለም አቀፍ አጋሮች ጋር በቅርበት ይሰራል። አገራዊ ጥረቶችን ማስተባበር እና ማመቻቸት በተለይ ካለው ውስን ሀብት እና ከተጋረጡ ጉልህ ተግዳሮቶች አንፃር ወሳኝ ነው። አካዳሚው ዋና መሥሪያ ቤቱን ኢየሩሳሌም ሲሆን በራማላ እና በጋዛ ተጨማሪ ቢሮዎች አሉት።
